在過去的歷史之中,傳說著
曾有人類以高科技創造了可飛行於天空的城市 -拉普達。
雖多數認為這是虛構幻想出來的事物,
但仍有相信飛行城市存在而試圖尋找出的人們。
某一日晚上,搭載眾多旅客的飛行客船突遭到空中海盜團的襲擊和入侵,
空中海盜的目標是搭乘飛行船的一位名叫希達的少女
以及他身上所攜帶與飛行城市傳說相關的物品「飛行石」。
巴魯與希達為了搶回飛行石並阻止穆斯卡的企圖,
於是搭上了朵拉一族的飛行船一同前往拉普達——傳說的天空之城。